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科學城東區規劃麵積32.5平方公裏，重點聚焦地球科學、生命健康、氣候經濟等領域，加速成為世界級原始創新承載區。目前，地球係統數值模擬裝置、5個交叉平台項目（深部資源探測技術裝備研發平台、京津冀大氣環境與物理化學前沿交叉研究平台、環境汙染物識別與控製協同創新平台、泛第三極環境綜合探測平台、清華大學空地一體環境感知與智能響應研究平台）已經陸續投入運營，北京大學懷密醫學中心、北京第二實驗學校等項目，正在規劃建設。
中關村密雲園規劃麵積19.44平方公裏，其中，密雲經濟開發區規劃麵積12.5平方公裏、密雲生態商務區規劃麵積6.94平方公裏。中關村密雲園成為全區經濟發展的主陣地。是密雲經濟建設的主戰場、科技創新的策源地、科學城成果轉化的承載區，圍繞醫藥健康、智能製造、生態環保、信息技術四個重點產業方向，打造大健康產業聚集區，建設生命健康產業園；打造智能製造產業聚集區，建設科技成果轉化產業園；打造節能環保產業聚集區；大力發展科技服務業。
密雲區國家現代農業產業園總占地麵積407平方公裏，圍繞東邵渠鎮、河南寨鎮、巨各莊鎮、穆家峪鎮四個鎮建立產業園園區，以特色果品、精品蔬菜為主導產業，打造“1+3+N”的總體空間布局，即“1”個蔡家窪核心區，北京極星現代農業科技園、匯源密雲農穀、邑仕山穀葡萄溝示範園組成的“3”個高效農業創新中心，“N”個果蔬生產基地。
